Учреждение является правопреемником государственного учреждения «Ямало-Ненецкий окружной краеведческий музей имени И.С.Шемановского» и государственного учреждения «Выставочный центр». История музея начинается в 1906-м году, когда в с. Обдорск (ныне г. Салехард) было создано «Хранилище коллекций по этнографии инородцев Тобольского Севера», впоследствии Ямало-Ненецкий окружной краеведческий музей, с 2002 г. – Ямало-Ненецкий окружной музейно-выставочный комплекс имени И.С.Шемановского. В 2016-м году музей отмечает своё 110-летие.
В состав МВК входят:
- музей с фондохранилищем и экспозиционными площадями;
- выставочный центр с выставочным залом;
- конференц-зал на 195 мест.
- научная библиотека;
- музей-квартира ненецкого писателя Леонида Лапцуя
- Музей занимательных наук Эйнштейна
- Экспериментальная музейная академия